流式细胞仪被誉为生物医学实验室的“CT”，是医院检验科、病理科、血液科、风湿科、以及各级疾控中心的常用设备。
它的临床应用主要包括：
艾滋病诊断/治疗：CD4细胞检测；
免疫功能评估：淋巴细胞亚群检测；
强直性脊柱炎的诊断：HLA-B27检测；
白血病/淋巴瘤免疫分型：细胞表型分析；
骨髓/干细胞/器官移植：CD34+干细胞计数、HLA分型；
细胞治疗：细胞表型分析、细胞因子检测；
生殖诊断/治疗：镜子功能检测、封闭抗体检测。
【应用领域——科研】
流式细胞仪是生物医学研究领域的必备仪器，主要配备在大学或科研院所的生物学、免疫学、药学等专业实验室。
它的具体应用包括：
免疫表型分析；
细胞周期检测；
细胞凋亡分析；
细胞增殖检测；
细胞杀伤、自噬、吞噬分析；
细胞内游离钙、pH检测；
细胞活性氧、线粒体检测。
高灵敏度荧光检出限，保证极微若的荧光信号能够被检测到。
高灵敏度侧向角散射光检出限，即使200mm微小粒子也能够被识别。
高速信号处理能力，缩短检测试剂、提升工作效率。
高效清洗系统，降低交叉污染，携带污染率低至0.1%以下。
高性能试管涡旋混匀技术，使样本混匀更均一，提升检测重复性和准确性。
